В 1994 году он унаследовал власть от своего отца Ким Ир Сена — основоположника доктрины "чучхе", подразумевающей опору на собственные силы, первого главы Северной Кореи.
За годы руководства КНДР он сумел не только укрепить культ собственной личности, но и добиться полной централизации власти, чего не удалось даже его отцу, "великому вождю".
Ким Чен Ир единолично руководил Северной Кореей около 17 лет.
Свою карьеру она начал в Трудовой партии Кореи в возрасте 20 лет в 1961 году, к 1974 году он уже занимал руководящую должность в ЦК, а к 1980 году постепенно полностью подчинил себе партию, заняв ключевые посты в политбюро, Военной комиссии и cекретариате ТПК.
На протяжении последующих лет он фактически осуществлял руководство страной вместе с Ким Ир Сеном — считается, что отец поручал сыну внутренние дела, внешней политикой предпочитая заниматься самостоятельно.
При этом, если при Ким Ир Сене руководство Северной Кореей осуществлялось хоть и авторитарно, но все же по принципу коллегиальности — "великий вождь" советовался при принятии решений с партийным руководством и членами кабинета министров, то Ким Чен Ир требовал от своих министров беспрекословного подчинения и лично вникал в самые рутинные государственные дела, вплоть до утверждения размеров жилья для партийных функционеров.
При Ким Чен Ире изменилось и прикладное понимание идей чучхе — доктрина "опоры на собственные силы" фактически превратилась в доктрину опоры на вооруженные силы.
КНДР начала тратить средства практически исключительно на развитие вооружений, в том числе и ядерных, несмотря на то, что в 1994 году Пхеньян и Вашингтон заключили соглашение о свертывании северокорейской ядерной программы в обмен на продовольственную поддержку КНДР.
Ким Чен Ир умер в возрасте 69 лет, не дожив нескольких месяцев сразу до двух юбилеев государственного значения: собственного 70-летия (день рождения руководителя входит в число главных национальных праздников КНДР) и 100-летия со дня рождения Ким Ир Сена.
После смерти Ким Чен Ира руководителем партии и государства стал его сын Ким Чен Ын.